Diagnostique génétique et Biomarqueurs

Description et mission

Fait intéressant, les gènes impliqués sont principalement exprimés dans les cellules épithéliales, et parmi eux, certains gènes liés à l’inflammation (par exemple TNFRSF6B, STING) sont identifiés comme facteurs de risque de fibrose pulmonaire, en particulier chez les patients souffrant de rhumatismes inflammatoires. 

En complément, les causes génétiques du syndrome de Marfan ou de l’amylose cardiaque soulignent l’importance du remodelage pathologique cardiovasculaire. 

Identifier les liens entre ces gènes, l’inflammation, le développement de la fibrose, ainsi que leur interaction avec les causes génétiques des canalopathies cardiaques, de la naissance à l’âge adulte, constituera un objectif majeur de ce projet. Cela permettra non seulement de mieux comprendre ces maladies rares, mais aussi d’identifier des mécanismes clés communs à plusieurs pathologies. 

Nous nous appuierons sur les cohortes déjà constituées et sur l’expertise croisée des équipes du FHU pour créer des procédures de recherche harmonisées, favorisant des bénéfices mutuels entre équipes.

Les analyses comprendront : 

• Une meilleure description des corrélations génotype/phénotype de l’enfance à l’âge adulte, avec une analyse en grappes (cluster analysis) par maladie et par organe ; 
• L’identification de nouveaux variants germinaux rares responsables des maladies prises en charge par nos centres ; 
• L’analyse des variants germinaux communs et de leurs interactions avec les variants rares ; 
• Une analyse des variants somatiques, dans le sang ou les organes, par organe, comparée aux données phénotypiques et génotypiques germinales ; 
• Enfin, ces données seront corrélées aux expositions environnementales pour une évaluation du risque individualisée. 

L’ensemble de ces données alimentera directement le WP4.